При условии установки всех серверных компонентов системы схема взаимодействия компонентов SecureTower выглядит следующим образом:

1. Сервер контроля агентов производит удаленную установку агентов на компьютеры локальной сети. Агенты отслеживают данные, которыми обмениваются пользователи программ Skype, Telegram, Microsoft Lync, Viber, Google Hangouts, WhatsApp или передающиеся по шифрованным каналам и на подключенные устройства, и отправляют их серверу для обработки. Сервер, в свою очередь, направляет полученную от агентов информацию на Центральный сервер для сохранения во внешнем хранилище данных.
2. Сервер обработки почты перехватывает почтовые сообщения с почтовых серверов компании и передает их на Центральный сервер для сохранения во внешнем хранилище данных.
3. ICAP-сервер анализирует и перехватывает HTTP-трафик, передаваемый через прокси-сервер организации, и передает полученные результаты на Центральный сервер для сохранения во внешнем хранилище данных.
4. Весь внешний трафик дублируется и направляется к Серверу сетевого трафика при помощи коммутатора с портом зеркалирования. На Сервере сетевого трафика осуществляется анализ полученного трафика, в ходе которого выделяется необходимая информация (электронные письма, файлы, сообщения и т.д.) и передается на Центральный сервер для сохранения во внешнем хранилище данных.
5. Центральный сервер сохраняет всю поступившую от других компонентов информацию в базы данных, настроенные для этих целей.
6. Сервер индексирования производит построение индексов информации, находящейся в базе данных, с последующим сохранением индексов в свое хранилище. В дальнейшем поиск будет осуществляться только по файлам поискового индекса, а не по всему объему информации, хранимой в базе данных. При обнаружении изображений, а также документов других форматов, требующих распознавания текстовой информации и печатей, Сервер индексирования передает такие данные свободному Серверу распознавания. Результаты распознавания Сервер индексирования запрашивает у Сервера распознавания и производит их индексирование.  
7. Сервер распознавания изображений производит распознавание полученных от Сервера индексирования документов.
8. Сервер безопасности и отчетности взаимодействует с Центральным сервером и Консолью пользователя. Центр безопасности в автоматическом режиме осуществляет отправку поисковых запросов согласно правилам безопасности. При обнаружении данных, удовлетворяющих правилам, Центр безопасности формирует отчеты и направляет их на указанные адреса электронной почты. Консоль пользователя позволяет настраивать необходимые параметры работы Центра безопасности и задавать список правил для поисковых запросов, а также просматривать журнал событий о работе Центра безопасности.
9. Работа Консоли пользователя построена на взаимодействии с Центральным сервером. Сервер обрабатывает поисковые запросы, поступающие от Консоли пользователя, и предоставляет результаты произведенного поиска пользователю.
10. Консоль администратора используется для настройки работы всех компонентов продукта и для разграничения прав доступа пользователей к функционалу системы.